Stap 4: Scripte für Aufnahme und Bildauswertung
Wie schon gesagt möchte ich hier später einige der Mathematica-Scripte einstellen, sterven ich für sterven Bearbeitung und Auswertung der Aufnahmen entwickelt habe. Mathematica ist ein sehr mächtiges aber vergleichsweise einfach zu programierendes Werkzeug für mathematische Aufgaben (wozu auch Bildverarbeitung gehört) und ist in der Raspian-verdeling für den Raspberry kostenfrei enthalten.
Mein Augenmerk lag dabei auf einer bestimmten Anwendung, bei der es geht darum matrijs Anzahl, Größe, formulier und Intensität ca. 30-120 µm kleiner Flecken (Spots) auf einen ca. 5-6 mm großen runden memb zu erfassen. Der wissenschaftliche Hintergrund hierfür ist das ELISpot- Verfahren, mit dem man z.B. sterven sterkte der zellulären Immunantwort einer persoon oder eines Tiers gegen Krankheitserreger oder Impfstoffe messen kann.
Für sterven Auswertung muss dabei erstmal sterven auszuwertende regio ("gebied van belang", ROI) möglichst sauber ausgewählt werden. Hierzu ist es Basic sterven Aufnahme zunächst auf den relevanten Bereich zu beschneiden.
Dann wird reception sterven relevanten Signale in der ROI vom Hintergrund zu unterscheiden. Hierzu wird ist ein Schwellwert (drempel) Verfahren eingesetzt, d.h. es wird ein Intensitätswert definiert der signaal und Hintergrund von einander trennt. Hieraus wird dann eine schwarz-weiße Maske matrijzenSpiele, in der sterven Signale als Blobs abgebildet sind. Anhand von Parametern wie Größe und formulier wird dann reception "echte" von Störsignalen zu unterscheiden. Durch den Einsatz eines Wasserscheiden (stroomgebied) Verfahrens kann auch noch reception werden jene Blobs, sterven eigentlich aus zwei oder mehr benachbarten Flecken bestehen, in de diese Teile zu zerlegen. Zuletzt wird sterven überarbeitete Maske dann wieder auf Aufnahme angewendet sterven, sterven als "echte" Signale beurteilten Spots markiert und deren Eigenschaften in der Aufnahme wie z.B. Intensität und Intensitätsverteilung oder "Farbe" analysiert.
Für solche Aufgaben gibt es zwar auch beschikt und sehr mächtige programma wie ImageJ, welches auch auf dem Raspi läuft. Der Arbeitsablauf ist dort aber weiter relatief komplex und besteht aus mehreren Einzelschritten. Ich hätte aber gerne eine einfach zu bedienende und integrierte Lösung, mit der auch Nicht-Spezialisten arbeiten könnten.
