Stap 3: Foto van de Voxels
De voxel-serie moet met een microscoop bij voldoende vergroting te tonen duidelijk aan de groeiende voxels gefotografeerd, maar laag genoeg om aan te tonen van de verschillende stappen in elke foto, met voldoende overlap tussen opeenvolgende foto's om te bepalen waar in de reeks elkaar begint en stopt.
Indien nodig, kunnen de foto's worden rechtgetrokken met behulp van Photoshop, GIMP of andere beeld processing software. Gebruik vervolgens GraphClick om te digitaliseren de hoeken aan de basis van elke tandwiel, beginnend met de rechterkant van de eerste tandwiel, zoals hierboven weergegeven. Die gemeten coördinaten exporteren naar een tekstbestand met de dezelfde naam als het afbeeldingsbestand.
De beelden en de coördinaat bestanden worden vervolgens uitgevoerd via de bijgevoegde Processing schets (extractFrames.pde) door ze te plaatsen in een "input" submap. Het pakt van de beelden van de groeiende voxel tussen het kettingwiel coördinaten en slaat u elkaar in een submap van "output". Ik heb ook mijn input microfoto aangesloten en bijbehorende coördinaat bestanden en de frames van de film gemaakt van hen door de schets.
U zult waarschijnlijk moeten aanpassen de breedte, hoogte en Offset variabelen aangepast aan de resolutie van uw eigen microfoto. De breedte moet smal genoeg om uit te sluiten van de tandwielen, en zowel de breedte en de hoogte dient groot genoeg te bevatten een volledig belichte voxel plus enkele van de basis lagen die ze van groeien. De Offset definieert hoeveel van die basis wordt weergegeven. De frame-afmetingen ik gebruikt zijn geïllustreerd met een rode rechthoek in de foto hierboven.
Ook zijn boven drie representatieve frames op volledige grootte, met hun grijswaarden en effectieve blootstelling tijden zoals opgemerkt.
