Stap 14: programma's
De volgende zijn gratis programma's waarmee u kunt bekijken, bewerken, manipuleren en ontwerpen van uw projecten. Ik zal de herziening van sommige van hen in de volgende stappen, anderen ik laat aan u om te verkennen:
Dit is een functie-rijke programma ontworpen om te verkennen, uitlijnen en monteren van het genoom op gene schaal. Het is een beetje onhandig voor de eerste keer gebruiker echter hebben ze uitstekende tutorials en regelmatige updates aangezien het wordt gesponsord door de NIH.
Niet veel als er iets is veranderd sinds ABI (nu leven Technologies) vrijgegeven haar reeks Scanner-software, maar waarom fix wat niet gebroken. Deze eenvoudige gebruiksvriendelijke tool kan gebruikers snel hun chromatogrammen (waveform-bestanden die het product van Sanger sequencing reacties zijn) en de gegevens die zijn gekoppeld met hen inclusief kwaliteitsscores bekijken. Hun product bulletin vat het mooi, maar je moet registreren om te downloaden.
BioEdit kan niet winnen punten op stijl, hun interface kijkt als het klopt uit VB, maar het is rijk aan inhoud en beschikbare hulpmiddelen. Wellicht een van de beste gratis programma's suites voor genetica, het rivalen zelfs de commerciële producten. De feature lijst is lang en is waarschijnlijk de meest uitgebreide van alle programma's die ik heb geëvalueerd.
Het FastPCR programma is een uitstekend gestroomlijnd programma voor het ontwerpen van inleidingen, sondes en PCR reacties; het heeft zelfs een functie om te testen uw inleidingen in silico tegen uw referentie-sequenties. Dit programma zou tof voor de DIY bioloog ontwerpt thuis SSP tests te detecteren van bepaalde allelen of om de selectie van de primer voor een sequencing project. Ik heb niet gebruikt aangezien het ging om een proef licentie gebaseerde aanpak, maar u moet nog steeds kunnen krijgen van een trial versie om uit te proberen voor een tijdje.
MEGA:
Ik heb niet MEGA gebruikt sinds undergrad, niet omdat het een ondermaatse programma in feite het is geweldig, maar omdat ik niet meer fylogenie doen. Bent u ook geïnteresseerd in de evolutionaire biologie en traceren van de oorsprong van genen, is dit het programma voor jou. Van wat ik begrijp, wordt het alleen beter geworden sinds mijn undergrad fylogenetische analyse over de evolutie van Haas mitochondriaal DNA.
Gemakkelijk een van de meest gebruikte DNA sequentie kijkers rond, al was het maar vanwege de eenvoud en gebruiksgemak, Chromas Lite geeft u alleen wat u nodig hebt om DNA chromatogrammen en geen pluis te bekijken. Dit is een favoriet voor eenmalige weergaven die geen manipulatie of vergadering vereisen, dit moet waar de meeste DIY wetenschappers hun inval in genetische analyse beginnen.
Primer3 en Primer3Plus:
Primer3 is al lang de standaard aan toonder in vrije, open primer ontwerpgereedschappen. Het wordt wijd gebruikt in de gehele onderzoekgemeenschap en zelfs in verschillende softwarepakketten (betaald en gratis) is opgenomen. De interface maakt het mogelijk voor de fine tuning van uw ontwerpparameters primer, maar het is zo betrokken of handsfree-zoals u het waardoor zowel beginnende en ervaren gebruikers de mogelijkheid om gebruik te maken van haar intereface. Voor meer informatie, lees de volgende publicatie, Untergasser et al. 2012.
Andere programma's dan deze bestaan, maar ik niet zo vertrouwd met hen ben. Dat wil niet zeggen dat ze niet goed, ik wil niet dat dit te maken ' ible één gigantische overzicht van software. Als u nog steeds nieuwsgierig bent, check out Sequencher, GeneMark, GeneStudio, Softgenetics (proef), GenBeans, UGene, SEQtools (licentie-gebaseerd) en zacht. Ik wegga meer gericht op het klonen bij bacteriën, gist en andere modelsystemen maar er is ook sommige uitstekende freeware uit voor dat ook de software (bijvoorbeeld Serial Cloner). Persoonlijk, nu ik werk alleen met een betaalde softwaresuite genaamd Geneious aangezien wij het gestandaardiseerd in mijn lab jaar geleden, het is glad en krachtige maar niet betaalbaar voor de DIY geneticus.
Gelieve zijn nota, alle logo's en screenshots eigenschappen van hun respectieve organisaties
